商业秘密深度保护方法能够对每一项商业秘密资产进行详细的风险分析，确定影响泄密风险的因素的程度，进而可以采取有针对性的控制措施，将泄密风险消除，达到保护商业秘密安全的目的，因此，商业秘密深度保护方法具有保护目标清晰明确、风险分析详细、控制措施针对性强、控制严密、保护效果好的特点。
      由于商业秘密深度保护要考虑每项具体的商业秘密资产，控制过程周密，所以实施周期长、工作量大，同时，对企业的组织架构、人力资源、技术能力等都有较高的要求，在应用之前，要确定企业适用的风险评估程序和赋值方法。